W Pracowni Historii Muzyki prowadzone są badania z zakresu historii i teorii muzyki od XII od XXI wieku. Wyniki indywidualnych badań poszczególni pracownicy ogłaszają w formie książek, artykułów oraz edycji nutowych i pism muzyczno-teoretycznych, a także uczestnicząc w konferencjach naukowych, organizując koncerty i wystawy. Kontynuowane są też prace zespołowe: sporządzany w formie komputerowych baz danych Katalog Źródeł Muzycznych, seria wydawnicza Monumenta Musice in Polonia, w ramach której ukazują się źródłowo-krytyczne oraz faksymilowe edycje utworów muzycznych i pism muzyczno-teoretycznych autorów polskich lub z Polską związanych, od ponad 50 lat redagowany jest kwartalnik „Muzyka”. W 2011 powołano serię Ikonografia Muzyczna. Studia i Materiały, a w 2016 - projekt badawczo-dokumentacyjny Muzyka polska za granicą.
W ramach mającego dwudziestoletnią historię konwersatorium wykłady wygłaszają zaproszeni goście z kraju i z zagranicy (zobacz wykaz wykładów od 1996 roku), organizowane są muzykologiczne i interdyscyplinarne konferencje naukowe, odbywają się seminaria doktoranckie.
W Pracowni Etnomuzykologii prowadzone są badania indywidualne w zakresie polskiego folkloru muzycznego oraz poszukiwania nowych metod dokumentacji i analiz muzyki tradycyjnej, których wyniki pracownicy przedstawiają w formie publikacji oraz podczas konferencji naukowych, w tym organizowanych w ramach międzynarodowych projektów dotyczących muzyki tradycyjnej, uczestniczą też jako konsultanci i jurorzy w konkursach i festiwalach muzyki ludowej, popularyzują wiedzę na ten temat w formie audycji radiowych, wystaw itp. Prace zespołowe ogniskują się wokół dwóch przedsięwzięć: serii Polska Pieśń i Muzyka Ludowa. Źródła i materiały, stanowiącej nowoczesną kontynuację dzieła Oskara Kolberga - publikuje się w niej materiał folklorystyczny z poszczególnych regionów kraju w możliwie szerokim wyborze, reprezentatywny, pełny i dobrze udokumentowany, systematycznie uporządkowany i powiązany z kontekstem kulturowym, oraz Zbiorów Fonograficznych (dawne Archiwum Fonograficzne im. M. Sobieskiego), w których gromadzone są, stopniowo digitalizowane, nagrania dźwiękowe polskiej muzyki tradycyjnej tworzone od lat 20. XX wieku. Kolekcja obejmuje dokumentalne nagrania folkloru wszystkich regionów etnograficznych Polski oraz mniejszości etnicznych (są to pieśni, utwory instrumentalne, teksty mówione, wywiady, widowiska obrzędowe). Z roku na rok powiększa się również kolekcja wydawnictw płytowych, zawierających źródłowy materiał pochodzący ze Zbiorów Fonograficznych IS PAN.
Zakład Muzykologii realizuje międzynarodowe projekty badawcze oraz współpracuje z muzykologami z różnych z krajów (w szczególności z Bułgarii, Chorwacji, Republiki Czeskiej, Gruzji, Niemiec, Słowacji, Słowenii, Szwecji, Węgier, Wielkiej Brytanii i Włoch)
Dorobek Zakładu Muzykologii (ostatnie piętnastolecie) lata 1999-2014